Fundacja na rzecz Collegium Polonicum swoją działalność rozpoczęła w grudniu 2002 roku, opierając się na aktywnej współpracy z UAM i Europejskim Uniwersytetem Viadrina we Frankfurcie nad Odrą. Celem inicjatorów Fundacji było rozwijanie działalności edukacyjnej Collegium Polonicum i promocja placówki w środowisku lokalnym.
Na przestrzeni 20 lat, Fundacja stała się istotną w województwie lubuskim organizacją „infrastrukturalną” i „parasolową” – wspierającą, nie tylko środowisko akademickie, ale także rozwój lokalny oraz inicjatywy na rzecz dobra wspólnego.